Dirige o projeto de investigação aplicada Ecological Interaction, fundindo conhecimentos tradicionais com tecnologia e práticas modernas. A sua quinta na comarca catalã de Benifallet é um projecto de regeneração de terras áridas centrado em técnicas de agroecologia, silvicultura, construção tradicional e monitorização ambiental.

Jonathan Minchin tem apoiado o Fab Lab Barcelona desde 2011. Entre 2013 e 2018, dirigiu o "Can Valldaura Labs", um campus do Instituto de Arquitectura Avançada da Catalunha. Enquanto vivia e trabalhava no local e liderava projectos semanais de voluntariado, criou o Green Fab Lab e iniciou projectos ecológicos e rurais, incluindo "Open Source Beehives", o programa da UE Horizonte 2020 "ROMI" (Robotics for Microfarms). O seu trabalho actual envolve agricultura computacional, sistemas GIS para transferência de tecnologia e conhecimentos e o desenvolvimento de outras ferramentas de conservação observacional e tecnologias agrícolas. No domínio da "Cooperação Internacional, Arquitectura de Emergência Sustentável" (Mestrado), trabalhou em projectos de habitação e desenvolvimento com a "UN habitat", a "Habitat for Humanity", a "UNESCO" e a "Basic Initiative". O seu trabalho sobre "Geographic referencing for Technology Transfer" foi publicado no livro "Reflections on Development and Cooperation". Estudou e leccionou na Fab Academy e na Bio Academy e criou os workshops da Série Zero em Biologia e Agro-Ecologia juntamente com a DIYbio Barcelona. Ensina em vários programas de mestrado da IAAC, incluindo o MDEF do Fab Lab Barcelona. Foi co-fundador da plataforma Open Lab para a transferência de tecnologia apropriada.

Desde 2019, Jonathan Minchin desenvolve uma colaboração regular com a Fundação da Casa de Mateus, tendo participado nos Seminários O Futuro do Passado (2019) e Transições (2020) e nos programas Mateus Labs/Transições (2022).